为保障西部基层医疗机构的基药配备，县市级配送企业还在遍地开花。集中度分散导致配送成本过高，令大型商业公司将目光停留在中高端医院市场及城市零售市场，于是基层市场催生了更多的商业公司，这又使得行业集中度更加分散。基药配送陷入不断恶化的循环中，利润与市场的博弈正在蔓延。2011年物流成本就占到5个点。

不少基药配送商表达出不满或在抱怨，但是，对于在大商业牙缝中挤出来的基层基药市场仍充满期待。
第三方物流能较好地解决基药在基层即时送达难的问题。理由是引入邮政系统等第三方物流企业参与基药配送，除降低药品的配送成本外，也能满足基层医疗机构采购药品的需求和时效。
　　当然，由第三方物流公司来配送药品，存在配送资质、硬件设施和规范化监管等诸多问题。汪亮表示，从目前各地基层医疗机构的药品配送商结构看，中小型地方商业公司依然是主体。各地对基本药物配送商的要求各不相同：天津、湖北、青海等地，采取的是统一评审标准，统一配送商数量；贵州则是生产企业自己委托商业公司配送；四川实行的是一省两制，在成都统一配送，成都以外，生产企业自己找商业公司配送；宁夏、河南选的是省级配送商负责全省市的配送，还有好多省市没有基药配送商的限定，有的多达几百家。

　　不同的遴选标准，处境却是相似的。怎样纾困是当前政府、企业都需要思考的问题。耿晓芬告诉记者，云南的基药配送各个地州也不一样，昆明有20多家配送商，而州县一般有十几家，不过，令人困惑的是，选中配送商并不意味着量能上去，因为企业还要面对地州当地实力较强的商业公司的竞争。
随着基本药物制度逐渐渗透到基层，偏远地区基药供应积极性不高、配送难的现实矛盾日渐突出。对此，多年扎根在基层的何永佳表示，为了解决偏远地区配送难的问题，关键不是搞行政分割市场，而是应该把县级医疗机构的高端药品资源和偏远的基层药品保障带量捆绑打包，并建立竞争性的药品配送环境，充分发挥市场机制的灵活性。这种做法有些类似江西“2+1”的基药配送商遴选模式，江西是采取“70+30”的方式，医院允许在全省招标的中标目录中，使用用药金额不超过30%的非基本药物，那么配送公司就会专门找一些有差价、高毛利的品种捆绑来参与竞争。

　　一边是基层医疗机构的基药需求点多、面广、量小等特点，商业公司没有利润而不愿意配送，另一方面，政府相继出台政策要求配送商必须保证基药的及时配送。这是一组现阶段难以调和的矛盾。作为受政策影响较大的医药行业，基药配送还需要更加明晰、统一的政策法规。
　　更让企业困惑的是，此前卫生部等六部委联合下发的《关于进一步规范医疗机构药品集中采购工作的意见》明确规定：由生产企业或委托具有现代物流能力的药品经营企业向医疗机构直接配送，原则上只允许委托一次。

　各地表现出不同的体征，量化标准存在巨大差别。正因为执行标准的随意性，宁夏前两年实行的基药招标配送“三统一”，以行政手段推向基药配送集中，引发“上书”事件。
　　如今，基药配送已经到了十字路口，向左还是向右？关键还在于政策层面的引导。此前，国务院颁布的《基层医疗卫生机构基本药物采购机制的指导意见》也提出，由确定的基药供货企业自行委托经营企业进行配送或直接配送，将药品配送环节让渡给市场，充分发挥市场资源配置和分工的作用来实现药品及时配送。